1)与凹印和胶印相比，柔印密度曲线不稳定，印版厚度变化等于印刷质量有较大影响，这增大了柔印版彩色套印的难度。
2)柔性版印刷采用网纹辊传墨，印版网线必须和网纹辊的线数相匹配，否则会造成高光区的小点陷入墨孔而印不出来，同时四色版的网角不能采用45°，否则易产生龟纹。
3)网点增大较严重，因为柔性版硬度低，图文受挤压后容易变形，印刷过程中的网点增大比较严重。一般的增大范围在16%-30%，中间调最高可达50%，有2%-3%的网点增大至15%甚至更高。因此，印刷品的阶调层次难以得以保证，致使整个版层次向高调发展，暗调部分变成实地，网点出现空心、不光洁。网点层次发生变化会使图像严重偏色，整个画面看上去层次不明、不清晰、细微层次难以表现、立体感不强。在网点增大的影响下，柔性版印刷出的图像10%以下的高光层次丢失严重，85%以上暗调层次易变成实地。
4)因为柔性版印刷的压力很小,压力稍有变化都会对印刷质量产生明显变化，压印力的控制变得非常重要。
5)需重新设定分色参数，不能照搬胶印或凹印。目前我国引进的大多是机组式的柔印设备，机组一般有6-8个，再加上包装行业较多采用专色，因此，柔印在分色上要考虑多色分色，以弥补印刷上网点表现的不足。
6)设计合理的后工序。柔印印刷单元较多，再加上联机多道后加工，对套印提出了更高的要求，因此在柔印制版时，如何同时设计后加工工艺成为一大难点。
7)柔印网点增大呈非线性变化，即这种变化与网点面积不是成正比例的。胶印网点增大是等距离的，而柔印印版上网点越小，在印刷中由于受力面积小，受力后横向变形越大网点增大越严重。这与柔印要拉开色彩与阶调反差的要求正好相反。柔印网点呈如下变化趋势：在网点极小时，要么绝网（晒版造成的）；要么增大至15%甚至更大的网点（印刷造成的）。在暗调部分，网点极易成为实地（晒版和印刷造成的）。
8)柔性版贴版变形与补偿途径。柔性版最明显的特点是具有弹性，一块制做得非常完美的柔性印版，当它被安装到圆柱形滚筒之后，印版沿滚筒额度周向的表面会产生弯曲变形，这种变形会涉及到印版表面的图文，使得印刷出来的图文与原稿尺寸发生偏差。
