根据印刷机组的排列方式，可分为机组式、卫星式和层叠式柔性版印刷机。
层叠式柔性版印刷机的各印刷色组上下层叠，排列在印刷部件主墙板的一侧或两侧，每一个印刷色组通过装在主墙板上的齿轮传动。印刷时，承印物依次通过各印刷组，完成全部印刷。每一个印刷色组都有压印滚筒、印版滚筒和输墨装置，而且各印刷色组结构相同。层叠式柔性版印刷机可印刷1到8色，但多为6色，若配置有翻转装置，还可以进行正、反面印刷。其结构如下图2所示。
机组式柔性版印刷机的各印刷色组互相独立且呈水平直线排列，机组之间可用一根共用的传动轴来驱动印刷单元，也可由各机组的独立传动系统驱动印刷单元。
印刷时，承印物沿水平方向前进，依次完成各色印刷，基本结构如图3所示。这种机型可进行单色、多色、单双面多色印刷。
卫星式柔性版印刷机所有的印刷单元共用一个印刷滚筒，即只有一个大的中央压印滚筒，各个印刷滚筒围绕着这个大直径的压印滚筒转动。在承印物进入印刷滚筒和压印滚筒之间，紧贴着压印滚筒的表面转动一圈后，依次完成多色印刷。其基本结构如下图4所示。
无论是哪种类型的柔性版印刷机都是由放料装置、印刷装置、输墨装置、干燥装置及收卷装置等组成。
